Topology predictions of membrane spanning region in Plasmodium yoelii ABC proteins

Resumen

Introducción. El problema de resistencia a drogas en malaria continúa en aumento y representa un gran problema de salud. La resistencia a drogas en los Plasmodia es un fenómeno complejo frecuentemente mediado por proteínas de membrana de la familia ABC (ATP-Binding Cassette), las cuales se caracterizan por la presencia de lugares de enlaces a nucleótidos (NBS) y una región con dominios transmembranales (MSD). Objetivo. El objetivo principal del trabajo es analizar el desempeño de diferentes herramientas cibernéticas para predecir la topología de las proteínas ABC en P. yoelii. Material y Métodos. Se identificaron las proteínas ABC en PlasmoDB 5.4 utilizando la herramienta de búsqueda de términos, con ABC como la palabra clave. Las proteínas identificadas fueron analizadas utilizando siete herramientas cibernéticas que predicen NBS y MSD. Los programas fueron clasificados con base en el número de predicciones correctas e incorrectas. Resultados. Siete de las 23 proteínas que fueron identificadas poseían la estructura de arquitectura típica de las proteínas ABC con regiones transmembranales. El número de dominios transmembranales en las proteínas varió entre 4-11. TMHMM 1.0 generó la mejor comparación en relación a la anotación de referencia en PlasmoDB (TMHMM 2.0) con 51 predicciones correctas, seguido por Phobius, TMPRED y HMMTOP. MEMSAT y SPLIT tuvieron el menor número de predicciones correctas. Conclusiones. Se realizaron predicciones de topología de las regiones transmembranales de las proteínas ABC de P. yoelii. Estos análisis deben proveer información adicional sobre la estructura de las proteínas ABC y deben servir de guía a los investigadores para entender mejor el papel que estas proteínas podrían desempeñar en los procesos biológicos del parásito.